Das nach seiner Patronin Agnes genannte Kloster entstand 1457 durch die Stiftung eines Schwesternhauses.

Die Hauptaufgabe der Nonnen bestand neben den drei täglich gehaltenen gemeinsamen Chordiensten und privaten Andachten in Handarbeiten wie der Herstellung von Garn und Leinwand sowie Näharbeiten. Als neue Einnahmequelle sollte ab 1792 der Schulunterricht der Bürgermädchen dienen, der von einer Nonne erteilt wurde.
Am 13. September 1803 legte Anna Katharina Emmerick nach Überwindung zahlreicher Widerstände ihr Gelübde ab. Als besondere Aufgabe versah sie den Dienst als Küsterin, zu dem das Backen der Hostien gehörte. Ab 1810 übertrug ihr die Oberin die Beaufsichtigung der Mägde und die Bewirtschaftung der Gärten. Häufig suchten Anna Katharina Krankheiten heim, zu deren Behandlung der Arzt Dr. Krauthausen hinzugezogen wurde.
Die letzten Nonnen mussten am 13. April 1812 das Kloster verlassen, weil Napoleon dessen Aufhebung am 14. November 1811 verfügt hatte.